Tras una época de escasos datos arqueológicos, que se inicia con la conquista bizantina del área, encontramos nuevas noticias sobre el área en los ss. XII y XIII, cuando las fuentes islámicas nos hablan en esta zona del puerto de Susaña.
A partir del asentamiento del poder bizantino en la zona, se detecta en el área un vacío de información arqueológica que abre un periodo oscuro. No será hasta los ss. XII-XIII que encontramos nuevas noticias para la zona de Mazarrón.
En época islámica, las fuentes escritas (al-Idrisi) hablan de Susaña como de un buen puerto, no lejos de una población, a 24 millas de Cartagena y a 12 de Águilas (Hins-Aquila). La antigua denominación de Almazarrón, según el diccionario de la real academia procede de la voz árabe al-mezer (ocre o rojo), aunque también se suele relacionar con el vocablo árabe marza-arón (puerto vivo o alertado). No obstante, el actual casco urbano de Mazarrón no parece ocuparse hasta época cristiana, situándose el núcleo de poblamiento islámico en torno al actual castillo o torre de Cantarranas. Otros núcleos de población se articulaban en torno a importantes fortificaciones como el castillo del Carlantín (La Majada) o el de Pastrana.
Arqueológicamente, para el Puerto de Mazarrón, solo contamos con puntuales hallazgos de materiales medievales entre los recogidos en los dragados submarinos, que testimonian cierta actividad comercial, así como la presencia de escasas sepulturas de ritual islámico en las excavaciones de la C/ Fábrica, en la zona que dominaba el antiguo puerto y que evidencian la existencia de un núcleo de población.