El Puerto de Mazarrón en época tardorromana era una localidad dedicada fundamentalmente a la pesca y a la fabricación de salazones, con sus otras industrias paralelas (esparto, alfarería), constituyendo uno de los grandes centros económicos costeros del actual litoral murciano. Junto a tradiciones marcadamente romanas vemos la aparición de rituales cristianos, la presencia de testimonios judíos, o la irrupción de gentes de posible origen germánico. En el Puerto había dos núcleos poblacionales separados espacialmente: uno en la zona del propio puerto y en los cabezos de La Era y El Faro; y el otro, en el Cabezo de la Molineta. Y ambos tenían sus respectivas necrópolis. Frente a la pujanza económica de la costa, el interior del actual municipio presentaba en esta época un marcado carácter rural, con agricultura de subsistencia y con escasas pervivencias de la actividad minera y metalúrgica.
Cartagena y Águilas, junto al Puerto de Mazarrón, parecen constituir durante la antigüedad tardía los tres grandes centros económicos costeros del actual litoral murciano, muy vinculados a la actividad pesquera.
Por lo que respecta al hinterland interior del Puerto de Mazarrón la actividad minera parece perdurar tan sólo en el Coto Fortuna, constatándose la existencia en la cumbre del cerro de fortificaciones de época tardía. La necrópolis de la Mezquita, en la Sierra del Algarrobo, nos marca la presencia de un grupo de población en un ámbito rural y con una economía probablemente de subsistencia para el que se ha propuesto inicialmente una cronología del s. V.
Los testimonios de época tardoantigua del Puerto de Mazarrón se ubican espacialmente en torno a dos núcleos diferenciados: la zona del antiguo y actual puerto, con el cabezo de La Era y las estribaciones del cabezo del Faro; y la zona del Cabezo de La Molineta y sus estribaciones.
Junto a las instalaciones portuarias se ubicaba, ocupando una amplia extensión en la margen derecha de la bahía, la factoría de salazones. Con la actividad del puerto y la factoría se relacionan modestas estructuras de oficinas, almacenes o pequeñas industrias que se han excavado en diversos solares. A la espalda del antiguo puerto, en la zona conocida como La Era, se excavaron en 1990/1991 un conjunto de viviendas unifamiliares que siguen modelos clásicos y una necrópolis tardía.
El otro núcleo con ocupación tardorromana se articula a lo largo del Cabezo de La Molineta, loma que domina la playa del Puerto de Mazarrón en paralelo a la misma. En la zona más alta del Cabezo se localiza la necrópolis tardorromana de la Molineta.
En la manzana del solar del antiguo Cine Serrano, entre las calles Macetas, Cartagena y Trafalgar, se ubicaba una gran balsa, con capacidad para 13 millones y medio de litros de agua, de cronología más antigua, pero que en época, ya en desuso, es utilizada como un inmenso vertedero.
Las excavaciones en el Cabezo de la Molineta, junto a testimonios paralelos a la fase cronológica de máxima actividad de los salazones, han permitido recoger datos de singular interés sobre la pervivencia de la ocupación en la zona hasta el s. VI. Junto a una fuerte pervivencia de creencias paganas, la necrópolis confirma ya en el s. IV la penetración del cristianismo entre la población. Otros elementos iconográficos, como la presencia de representaciones de candelabros de siete brazos, pueden ser testimonios también cristianos y no de la existencia de una comunidad judía en la ciudad. El momento de crisis que refleja la actividad portuaria en la primera mitad del s. V se refleja en la necrópolis de la Molineta en una destrucción intencionada de buena parte de las sepulturas. Desde el punto de vista histórico se ha puesto en conexión este hecho con las correrías en la zona de grupos relacionados con los vándalos u otras bandas de germanos orientales.
Para fijar el momento final del cementerio contamos con el hallazgo de una ocultación de un tesorillo realizada en una de las sepulturas y dentro del cual se encuentran algunas acuñaciones vándalas del Norte de África. Resulta tentador conectar el final de la actividad en el Puerto de Mazarrón y la ocultación de este tesorillo con el proceso de asentamiento del poder bizantino en el Sureste, con Cartagena como capital, que no fue ajeno a expediciones contra los asentamientos vándalos del norte de África y sureste peninsular. El ejercito bizantino desembarco en Cartagena hacia el 555, controlando la región hasta el 615, fecha en que Sisebuto reconquista la ciudad para los visigodos.