Tras la fundación de la ciudad por Abderramán III en el siglo X, se manda a construir la Mezquita Mayor en el año 965. Se trata de una mezquita de grandes dimensiones que constaba de dos zonas: el patio de abluciones y la sala de oraciones. El patio de abluciones se situaba donde hoy se encuentra la Delegación de Defensa, conocido popularmente como el Patio de los Naranjos. La sala de oraciones contaba con siete naves todas ellas dirigidas hacia el muro de la quibla y el nicho del mihrab (que se conserva en el interior de la Iglesia de San Juan). Tras la conquista de los Reyes Católicos, la antigua mezquita pasó a ser la primera Catedral de la ciudad, pero en 1522 un terremoto la destruyó.
En el siglo XVII, comienzan las obras de la actual Iglesia de San Juan sobre los cimientos de la Antigua Mezquita Mayor. La fachada principal es de sillares almohadillados, con una puerta bajo un arco de medio punto y un frontón triangular donde se encuentra el escudo del Obispo Portocarrero.
El interior responde al tipo de iglesia de cajón, con planta rectangular de una sola nave, cuyos muros presentan gruesas pilastras. Centra la atención el muro de la quibla y el nicho del mihrab, el único vestigio que queda de la Antigua Mezquita Mayor. La iglesia acoge las imágenes titulares de la cofradía de Nuestra Señora de las Angustias y del Santísimo Cristo de la Buena Muerte.
